核酸提取的常见难点在于一些植物组织之所以比较难提取出高质量的RNA与这些植物组织中富含的一些成份有关，常见的有酚类化合物，多糖以及某些尚无法确定的次级代谢产物，另外还有就是富含较高活性的组织。在完整的细胞内，这些物质与核酸是分离的，一旦细胞破碎，这些物质就会与RNA相互作用。

　　核酸提取方法：

　　1. 迅速灭活内源的RNA酶，以防止RNA降解。以下3个方法均可有效使内源RNA酶失活：

　　1）用含离液（如胍盐）的细胞裂解液收获样品，并立即匀浆。

　　2）用液氮瞬间冻结样品。值得特别注意的是：组织块必须保证足够小，在浸入液氮的瞬间就能冻结，以确保瞬间令RNA酶失活。

　　3）立即将样品置于无液氮RNA样品储存液中。它是一种水相、无毒的收集试剂，能立即稳定并保护完整、未冻结的组织和细胞样品中的RNA。关键要点是组织样品切片一定要够薄（<0.5 cm），这样才能在RNase破坏RNA之前迅速渗入组织块中。

　　2. 使用正确的细胞或组织储存条件

　　在样品用液氮瞬间冻结之后，应该储存在-80°C，千万不能解冻。即使是置于含有胍盐的裂解液中作匀浆前的短暂解冻，也会导致RNA的降解和损失。瞬间冻结的组织应该先在超低温条件下先研磨成粉，然后置于裂解液中进行匀浆。

　　4. 选择好的RNA分离方法

　　现有众多的RNA分离方法也许令人难以取舍。目前简单也是安全的方法是柱式分离，如因为操作简单，时间短，纯度高而受到大家的喜爱，不需要DNA酶消化DNA，节省了时间，避免RNA的降解，从而提高了核酸提取产量；相对非柱式分离，去除蛋白及其他杂质干净，提高了纯度，对于细胞、组织、一般植物均非常适合。植物核酸提取比较难抉择，植物RNA提取受酚、多糖、蛋白杂质、次生代谢物含量的影响，可以选择多糖多酚植物总RNA提取试剂盒（水仙、辣椒、胡萝卜、玉米、百合、小麦、西红柿、花菜、油菜等）和通用植物RNA提取试剂盒（适合绝大多数植物提取，包括：苹果、葡萄、草莓、香蕉、龙眼、荔枝、草坪植物、松树、杉树、白桦、紫松果、彩叶草、一品红、夹竹桃、垂叶榕、紫罗兰、月季、天竺蓝、牵牛花等）；非常值得一提的是血液（包括血清、血浆、脑脊液、其他液体）核酸提取用TRIZOL和红细胞裂解的方法效果都不好，红细胞裂解液不含有RNA酶的抑制成分，这个过程RNA很容易降解，推荐使用血液总RNA提取试剂盒。